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对于生物，庄子还提出一个“微生物——植物——动物——人”的生物进化过程固然另人惊叹，更重要的是他还提出“人从自然中来到自然中去”的宝贵思想，在今天依然闪耀着智慧的光辉。
追求“无我”是宗教和某些哲学的共通点，如佛教认为在某种意义上“我等于佛”，庄子说：“精神修养到最纯净的程度，就能返回到我就是道、道就是我，我与道合二为一的境界。”（《达生》）
庄子认为知识与智慧并没有必然的关系甚至与之相反，他说：“学问渊博的人，不必有真知；善于辩论的人，不必有智慧。”（《徐无鬼》）这当然这同那时各家争论不休有关。同样的想法，尼采极力要“限制无限制的知识冲动”，说“做哲学家不做学者”。在人们每天都被各种信息包围的现代社会，“知识”不论常用与否都是人受欢迎的，“百万富翁”之类的游戏更把知识与金钱直接联系起来。
《庄子》的很多句子都要人细细品味，如《知被游》这句：“道可以说是开始和终结，但却不是开始和终结；它也是物的聚积与消散，可是又不是聚积与消散本身。”
科学家探索物质，竟在粒子中失去它；他探索生命，又在原形质中失去它；他追寻意识，却有在脑波中失去它。只能这样解释，事物的本质是“无形”的。
《庄子》谈论到，“有生、有死、有显、有灭，但都无法看清显灭的途径，着就叫‘天门’。天门便是‘无有’，而万物就是从‘无有’产生出来的”。无和有的统一就是“道”了。《庄子》有说到，“大道的生与灭都没有原因，它有具体的事实而没有可见的出处；有长久的渊源而没有开始的根本”。
万物的变化都有着时间和空间的因数，所以《庄子》继续说，“有生的处所而看不见窍孔但却有具体的事实，不确的所在，这样就构成了空间（宇）；有长久的渊源而没有开始的根本，就形成了时间（宙）”。这种说法和现代自然科学是吻合的。他肯定了时空的统一，同时有否定了空间是纯粹的虚空，说空间是“具体的事实”，是物质的运动。为什么说时间“有长久的渊源而没有开始的根本”呢？时间是在大爆炸之后出现的，在此前只有逻辑上的“虚时间”，按道家的说法这是无有，是道的“本性”。道的本性自然是永恒的，时间所以没有开始。
与道家追寻宇宙之迷不同，儒家把时空的哲学直接运用到“礼”和“乐”的学说上，认为“乐发自内心，礼自外来”。“乐”是生命的节律，是内在性时间；礼，是生命的表达，
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